corona関連

https://www.nature.com/arti…/s41586-020-2008-3_reference.pdf

SARSやZikaなどの新興感染症は、国民に大きな脅威をもたらします健康1 –3。激しい研究努力にもかかわらず、新しい病気がどのように、いつ、どこで現れるかまだかなりの不確実性の原因です。重度の呼吸器疾患は中国湖北省武漢市で最近報告されました。1月25日まで2020年、最初の患者が入院して以来、少なくとも1,975人の症例が報告されています2019年12月12日。疫学的調査により、アウトブレイクは武漢のシーフード市場に関連していた。私たちは一人の患者を研究しました市場の労働者であり、26日に武漢中央病院に入院した2019年12月の発熱を含む重度の呼吸症候群を経験している、めまいと咳。メタゲノムRNAシーケンス4気管支肺胞洗浄体液サンプルは、設計されたコロナウイルス科からの新規RNAウイルスを同定しました。ここではWH-Human-1コロナウイルスとして。完全なウイルスゲノムの系統解析（29,903ヌクレオチド）ウイルスが最も密接に関連していることが明らかになりました（89.1％ヌクレオチド類似性）SARS様コロナウイルス（ベータコロナウイルス属、中国のコウモリから以前に採取されたサルベコウイルス亜種）。この発生深刻な病気を引き起こす動物からのウイルス流出の継続的な能力を強調しています

Clinical characteristics of novel coronavirus cases in tertiary hospitals in Hubei Province.
Chin Med J (Engl). 2020 Feb 7. doi: 10.1097/CM9.0000000000000744.
https://journals.lww.com/cmj/toc/9000/00000


The global spread of 2019-nCoV: a molecular evolutionary analysis
https://www.tandfonline.com/…/pdf/10.…/20477724.2020.1725339?
2019-nCoVの世界的な広がりは継続しており、WHOがリスク評価を高くすることで示されているように、急速に動いています。この記事では、この新しいウイルスの系統学的および系統地理学的な予備分析を提供します。 2019-nCoVの29の利用可能な全ゲノム配列と、GeneBankで利用可能なBat SARSのようなコロナウイルスからの非常に類似した配列である2つの全ゲノム配列を使用して、Maximum Clade Credibilityツリーが構築されました。私たちは、患者から2019-nCoV配列分離株を提供した国の間での感染のメカニズムを明らかにすることができます。 Bayesianの系統地理学的再構成は、2019〜2020年のnCoVが、恐らくRhinolophusのコウモリファミリーで循環しているBat SARSのようなコロナウイルスに由来することを示しています。疫学的観察と一致して、新しい発生の最も可能性のある地理的起源は中国の武漢市であり、分子時計分析によれば、2019年11月25日頃に、最新の共通祖先の2019-nCoV時間が出現しました。これらの結果、 一緒に
以前に記録された流行は、ベータコロナウイルスによる周期的な流行の発生の繰り返しパターンを示唆しています。さらに、私たちの研究は、SARS 2003の流行の根底にある同じ集団の遺伝的動態を記述し、動物とコウモリ科のRhinolophus間のBetacoronavirusの効果的な分子監視戦略の開発の緊急の必要性を示唆しています。


症例検討https://pubs.rsna.org/doi/pdf/10.1148/radiol.2020200330
Use of Chest CT in Combination with Negative RT-PCR Assay for the 2019 Novel Coronavirus but High Clinical Suspicion
Chest CT showed multiple peripheral ground-glass opacities in both lungs with more involvement of the left upper lobe, lingular segment. At admission, the real-time fluorescence polymerase chain reaction (RT-PCR) assay of the sputum was negative for the 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) nucleic acid.Repeat CT chest performed 3 days after admission showed transformation of ground-glass opacities to more consolidation (Figure d–f ). A repeat RT-PCR 2019-nCoV nucleic acid assay was also negative at this time. Six days after admission, the third RT-PCR 2019-nCoV nucleic acid assay was finally found to be positive.
When specimen tests are negative, the possibility of a false-negative result should be considered in the context of a patient’s recent exposures and the presence of clinical signs and symptoms consistent with 2019-nCoV infection (1,2). In this case, chest CT findings were typical of findings for 2019-nCoV pneumonia (3) coupled with recent exposure suggesting that 2019-nCoV infection was likely
https://pubs.rsna.org/doi/pdf/10.1148/radiol.2020200330


https://www.biorxiv.org/…/10.1…/2020.02.08.939553v1.full.pdf
https://doi.org/10.1101/2020.02.08.939553
概要
2019年の新型コロナウイルス（2019-nCoV）の発生は、中国の武漢から複数の国に急速に広がり、驚異的な数の感染と死亡を引き起こしています。 2019-nCoVの免疫脆弱性ランドスケープの体系的なプロファイリングは不足しており、免疫クリアランスメカニズム、ペプチドワクチン開発、および抗ウイルス抗体開発に重要な洞察をもたらすことができます。 この研究では、すべての2019-nCoVウイルスタンパク質がクラスIおよびII MHC提示を誘導し、線形抗体エピトープを形成する可能性を予測しました。 T細胞とB細胞のエピトープの濃縮はウイルスゲノム上で均一ではなく、豊富なエピトープを生成し、よりターゲットを絞ることができるいくつかの焦点領域を示しました。 2019-nCoVの遺伝的変異は、現時点では少ないものの、関連するコロナウイルスの変異のパターンに既に従っており、治療法の開発で考慮すべきこのウイルスの免疫脆弱性の状況を変える可能性があることを示しました。 オンラインデータベースを作成して、研究成果を広く共有しています。 全体として、2019-nCoVの免疫学的リソースを提示します。これは、治療薬の開発と機械的研究の両方を大幅に促進する可能性があります。

インパクト

科学サイトでの注目論文のサーフィング

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国立国会図書館デジタルコレクション

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アレクサンドリア図書館公式日本語サイト
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インパクト・ファクター(IF)2018学術誌ランキング（2019年6月発表）

http://scienceandtechnology.jp/archives/13607

NEW ENGLAND JOURNAL OF MEDICINE	79.258
JAMA-JOURNAL OF THE AMERICAN MEDICAL ASSOCIATION	47.661
Nature	41.577
SCIENCE	41.058
NATURE MATERIALS	39.235
NATURE BIOTECHNOLOGY	35.724
NATURE MEDICINE	32.621
CELL	31.398
NATURE GENETICS	27.125
NATURE METHODS	26.919
Nature Chemistry	26.201
Cell Stem Cell	23.29
BMJ-British Medical Journal	23.259
CANCER CELL	22.844
NATURE NEUROSCIENCE	19.912
NATURE CELL BIOLOGY	19.064
NEURON	14.318
MOLECULAR CELL	14.248
NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY	13.333
Nature　PROTOCOLS	12.423
Nature　Communications	12.353
PLOS　MEDICINE	11.675
Molecular　Psychiatry	11.64
Science　Advances	11.511
Nature　Plants	11.471
EMBO　JOURNAL	10.557
GENOME　RESEARCH	10.101
DEVELOPMENTAL　CELL	9.616
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA (PNAS)	9.504
GENES & DEVELOPMENT	9.462
Molecular Plant	9.326
CURRENT　biology	9.251
PLOS biology	9.163
PHYSICAL REVIEW LETTERS	8.839
JOURNAL OF CELL BIOLOGY	8.784
EMBO report	8.749
PLANT cell	8.228
Cell reports	8.032
eLife	7.616
NEURAL network	7.197
Stem cell reports	6.537
Science signaling	6.378
CEREBRAL cortex	6.308
GLIA	5.846
BMC biology	5.77
FASEB journal	5.595
Journal of Molecular Cell Biology	5.595
PLoS Genetics	5.54
DEVELOPMENT	5.413
Scientific data	5.305
SLEEP	5.135
Human Molecular Genetics	4.902
Cells	4.829
FEBS Journal	4.53
RNA	4.49
BIOESSAYS	4.419
Scientific reports	4.122
GENETICS	4.075
JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY	4.01
METHODS	3.998
Open biology	3.286
CEREBELLUM	3.199
Frontiers in Neural Circuits	3.131
HIPPOCAMPUS	3.966
PLoS Computational Biology	3.955
Biochemical journal	3.857
BMC genomics	3.73
CELL calcium	3.718
NEUROSCIENCE	3.382
Zoological Letters	2.9
PLoS One	2.766
G3-Genes Genomes Genetics	2.742
BMC Developmental Biology	2.427
Neuroscience research	2.277
Biology Open	2.217
Mechanisms of Development	1.9
JoVE	1.184

－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－

科学総合誌

1. Nature （ネイチャー）40.137(2016) (推移：31.434 – 34.48 – 36.101 – 36.28 – 42.351 – 41.456 – 38.138 – 40.137(2016) bioxbio.com)
2. Science （サイエンス）37.205(2016) (推移：28.103 – 29.747 – 31.364 – 31.201 – 31.027 – 31.477  –  33.611 – 34.661 –  37.205(2016)   bioxbio.com)
3. Nature Communications （ネイチャーコミュニケーションズ）12.124(2016) (推移：7.396 – 10.015 – 10.742 – 11.470 – 11.329 – 12.124(2016) bioxbio.com)
4. PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America) （ピーエヌエイエス）9.661(2016) （推移：bioxbio.com）
5. Scientific Reports （サイエンティフィックリポーツ）4.259(2016) （推移：2.927 – 5.078 – 5.578 – 5.228 – 4.259(2016)　bioxbio.com）　　－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－

化学

1. Nature Chemistry 25.870(2016)
2. Journal of the American Chemical Society (JACS) 13.858(2016)
3. Angewandte Chemie-International Edition  11.994(2016)
4. Bulletin of the Chemical Society of Japan 2.297(2016)
5. Chemistry Letters 1.801(2016)

 神経科学

1. Nature Neuroscience 17.839(2016)
2. Neuron 14.024(2016)
3. Frontiers in Neuroendocrinology 9.425(2016)
4. Journal of Neuroscience    5.988(2016) (推移 7.452 – 7.178 – 7.271 – 7.115 – 6.908 – 6.747 – 6.344 – 5.924 – 5.988(2016) bioxbio.com)
   
5. Frontiers in Molecular Neuroscience 5.076(2016)
6. Frontiers in Cellular Neuroscience 4.555(2016)
7. Frontiers in Aging Neuroscience 4.504(2016)
8. Frontiers in Neuroinformatics 3.870(2016)
9. Frontiers in Neuroscience 3.566(2016)
10. Frontiers in Neurology 3.552(2016)
11. Frontiers in Neuroanatomy 3.267(2016)
12. Frontiers in Neural Circuits 3.005(2016)
13. European Journal of Neuroscience  2.941(2016)
14. Journal of Neuroscience Methods 2.554(2016)
15. Journal of Neuroscience Research 2.481(2016)

物理　物理化学　材料科学　工学

1. Nature Materials 39.737(2016)
2. Nature Nanotechnology 38.986(2016)
3. Nature Photonics 37.852(2016)
4. Physical Review Letters 8.462(2016)
5. Soft Robotics 8.649 (2016)

書籍の一部分で、透かし印刷を施しています。キンドルで0円または300円です。書籍はもっときれいですが印刷代実費が高くて結果的に高額です。

マウス研究のための機器開発（15年以上前）

賢いマウスと格闘していた頃の昔の話

　動物実験を通じて医科学の進歩が促されるのは事実である。しかし、研究者の中には動物愛護の気持ちが強く、上司に促されても、どうしても動物実験が出来ない感受性の豊かな人たちもいた。私の場合、すでにラットを使用した実験に、10年近く手を染めていたこともあって、その点は麻痺していて、マウスを使用した動物実験に移ってからも、行動薬理学的研究を続けていた。
　ただ、しばらくしていくつかの疑問がわいていた。
1　夜行性動物のマウスの実験なのに、人の都合で昼間に実験をするのはおかしい。
2　記憶研究として電気ショックや水浸実験といった侵害ストレスばかりするのはおかしい。
3　ストップウオッチとメモを持って、目視観察し続けるのは非効率的な手法である。

マウスの主な行動時間帯である夜間に、自動観察できる装置、侵害ストレスでなく報酬を与える実験を考えた。当時は大学発ベンチャーを奨励する大学の方針もあって、行動薬理試験機器の開発に踏み切った。

マウスを水に溺らせたり、足裏に電気ショックを与えたりの侵害ストレスでなく、常時個室在住で、自然と餌探し課題となる環境を作り、マウスの移動軌跡を赤外線センサーでモニターした。
マウスは隠れ家が好きなので安全な隠れ場所も作った。

原理はこの通りで、機器の箱物を設計してみた。

　

　

閑話休題

life without blood 12年前の実験

人工臓器開発が、倫理問題を回避する王道である。

life without blood という研究テーマがある。ヘモグロビン3.0以下の急性出血性貧血を高圧酸素療法でしのいだという臨床例もあったが、長時間高圧酸素環境にいると、高酸素による合併症を回避できない。

そこで、こういうポッドを作り高気圧耐性の観察機器を自分で設計した。設計ソフトも高かった。完成図はこんな感じである。繰り返します。12年前の話です。三菱重工のOBが親切で数人がかりで格安で制作してくれました。

二~三気圧加圧するので、万一に備えて、防爆の檻も作成した。↑
蓋と加圧部分はこんな感じ↓。

耐圧ポッドの中には酸素と空気の二種類の気体注入チューブと生体信号（心電図電極、その他）を測定できるように配線部をシーリングゴムで密閉した。予算不足で心電図は稼働できなかったが、今ならワイヤレス機器が活用できるところ。

一方でマウスBL６Jの全血液を血漿代用輸液に置き換え赤血球を希釈する。可能な限りヘモグロビンを希釈した。一人実験者なので処置時は動画が取れず静止画しかない。

麻酔下で血液置換し、すぐに救命ポッドに入れなければ、失血死するので緊張する。血液希釈下で酸素低下状態なのですぐに救命ポッドに入れてあげたい。この時は麻酔で眠っています。

私の計算では、１＋3気圧の酸素100％では、通常の1気圧20%酸素の20倍酸素圧力が高いため、ヘモグロビンがなくても体液中の溶解酸素が20倍となり、通常の酸素動静脈圧格差を維持できるので酸素不足にはならない。

ヘモグロビンなくても延命しています。次の朝もその次の朝もずっと延命していました。回復力も強かったのでしょう。ここでは透明のプラスチックで囲んだマウスの周囲だけ100%酸素の状態で、安全上、その外（ポッド内）は高圧空気にしております。

この救命ポッドを制御すれば培養効率が、けた違いに高いチャンバーを作れます。何しろ競走馬の創傷治癒に応用しているくらいなので、傷の治癒が早い。細胞の分化増殖に良いはずです。特定の培養細胞が数日かけずとも、数時間で増殖することでしょう。（工夫がいりますが）海底200メートルでは21気圧ですから、ヘモグロビンがなくても空気だけで酸素溶解度は20倍になります。イルカたちに酸素ボンベいらないはずです。

その人工血液はダメ、その実験もダメ

　およそ12年前、独立した研究室で、酸素輸液や酸素移動の概念を確立しようともがいていた。それは細胞培養や臓器培養の飛躍的効率化につながると考えていたからだ。そしてそうした実験はその後誰もやっていないが、誰かが行うべき技術開発である。

　生体内での酸素の移動は、魚類であれ、ほ乳類であれ必要なことで環境周囲からの酸素摂取、つまり鰓呼吸なら水中からの酸素の回収、肺呼吸なら空気中からの酸素の回収が必要である。しかし、その10数年前に米軍が開発した人工血液は白色の溶媒で酸素交換はできるものの、そもそも生体細胞と相性が悪く、筋悪の研究開発物であった。今ならヘモグロビン代替蛋白の研究アプローチが筋の良いものだろう。

　人工的な酸素回収技術が成功すれば、肺癌になっても、大出血イベントが起きても、当面の酸素供給が可能となり、臓器移植に取って代わり、倫理的問題を回避することができる。

　まだ私が若いころ、ラットの頭蓋骨の発達過程を検証する実験が発表されていたが、懸念を感じる不思議な研究であった。良くは覚えていないが、新生児ラットの頭蓋骨が、その後、自然に成熟した頭蓋骨になるための要件、条件を探る実験で、頭蓋骨の病態探求の一方法ではあったが、実験条件の中に、新生児頭蓋骨は母体ラットの血液で栄養供給したとあった。

　よくよく聞いてみると、新生児頭蓋骨には脳組織も顔組織も脳神経（cranial nerve）も付随しており、新生児の内頚動脈と内頚静脈などを母体ラットの腹部血管に吻合しているのだ。人が指を近づけると噛みつこうとするという。もちろん、そんな詳細なことは発表しない。あくまで新生児ラットの頭蓋骨の成長の実験となっている。一つの生体に寄生する他個体の首を想像する研究では倫理的にクリアーできるはずもなく関東方面の研究室であったが、その後は継続されなかった。