corona関連2

既に多くの感染者が地方レベルに拡散していると思われる（直感）。調査対象の10％が陽性であってもパニックにならない体制を確保して、各県大病院先着50名の従事者検査などでサーベイランスすべき。既存のサーベイランスシステムを使っても良い。風評被害を心配するレベルではない。

ランセット論文　Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China　

■The lancetではCOVID-19 Resource Centreを立ち上げ、COVID-19関連の同紙論文をオープンアクセスにしている。

https://www.thelancet.com/coronavirus?dgcid=kr_pop-up_tlcoronavirus20

・Clinical course and outcomes of critically ill patients with　SARS-CoV-2 pneumonia in Wuhan, China: a single-centered,retrospective, observational study

・Early epidemiological analysis of the coronavirus disease 2019 outbreak based on crowdsourced data: a population-level observational study

https://www.thelancet.com/journals/landig/article/PIIS2589-7500(20)30026-1/fulltext

知っておくべき論文　N Engl J Med 2020; 382:727-733　DOI: 10.1056/NEJMoa2001017

A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019

別の概略論文のgoogle邦訳　Another Decade, Another Coronavirus　February 20, 2020　N Engl J Med 2020; 382:760-762　DOI: 10.1056/NEJMe2001126

数十年ぶりに、人獣共通コロナウイルスが種を越えてヒト集団に感染しました。暫定的に2019-nCoVと呼ばれるこのウイルスは、中国の武漢で、シーフードやウェットマーケットにさらされている人で初めて確認されました。中国の公衆衛生、臨床、および科学コミュニティの迅速な対応により、臨床疾患の認識と感染の疫学の初期理解が促進されました。最初の報告では、人から人への感染は限定的または存在しなかったことが示されましたが、現在ではその程度の感染が発生していることがわかっています。他の2つの病原性ヒト呼吸器コロナウイルス（重症急性呼吸器症候群コロナウイルス[SARS-CoV]および中東呼吸器症候群コロナウイルス[MERS-CoV]）によるアウトブレイクのように、2019-nCoVはしばしば重症の呼吸器疾患を引き起こします。1月24日現在、2020年には、800を超える症例が報告され、死亡率は3％でした（https://promedmail.org/。は新しいタブで開きます）。

現在ジャーナルで報告されているように、Zhu et al.2は2019-nCoVを特定し、特徴づけています。ウイルスゲノムの配列が決定されており、これらの結果は他のレポートと合わせて、SARS-CoVと75〜80％同一であり、いくつかのコウモリコロナウイルスとさらに密接に関連していることを示しています3.同じ細胞内で増殖できますSARS-CoVおよびMERS-CoVの成長には有用ですが、特に、SARS-CoVやMERS-CoVとは異なり、2019-nCoVは標準の組織培養細胞よりも初代ヒト気道上皮細胞でよりよく成長します。ウイルスの同定により、この新しいコロナウイルス感染に関する重要な未知の問題に対処し、抗ウイルス療法の開発を導く試薬の開発が可能になります。まず、ゲノムの配列を知ることにより、ウイルスを迅速に検出するための高感度の定量的逆転写酵素-ポリメラーゼ連鎖反応アッセイの開発が促進されます。第二に、血清学的アッセイの開発により、ヒトや、湿った市場やその他の環境における潜在的な人獣共通感染源の感染率の評価が可能になります。湿潤市場は中国全土に存在するため、これらの試薬は人間の感染が当初考えられていたよりも広範囲に及ぶかどうかを評価するのにも役立ちます。第三に、ウイルスを手に持つことは、抗ウイルス療法とワクチン、および実験動物モデルの開発に拍車をかけるでしょう。
この感染についてはまだ多くを学ぶ必要があります。最も重要なことは、人間間の伝播の程度と臨床疾患の範囲を決定する必要があることです。 SARS-CoVおよびMERS-CoVの伝播は、スーパースプレッドイベントによって大幅に発生しました4,5。スーパースプレッドイベントは2019-nCoVの伝送に関係していますが、それらの相対的な重要性は不明です。 SARS-CoVとMERS-CoVは両方とも、上気道の細胞よりも肺内上皮細胞に多く感染します4,6。その結果、伝播は主に軽度の非特異的徴候のある患者ではなく、既知疾患の患者から起こります。 2019-nCoVはSARS-CoV（ヒトアンジオテンシン変換酵素2 [hACE2]）3と同じ細胞受容体を使用しているようであり、3下気道疾患の徴候が発現した後にのみ伝播が予想されます。 SARS-CoVは2002年から2004年にかけて流行し、その細胞受容体によりよく結合し、ヒト細胞での複製を最適化し、毒性を増強しました。 。対照的に、MERS-CoVは2012.8で検出されて以来、ヒトの感染性を高めるために実質的に変異していません。

2019-nCoVは、SARS-CoVのように振る舞い、hACE2への結合が強化され、人間のホストにさらに適応する可能性があります。したがって、ウイルスが変異している程度を評価し、これらの変異がヒト宿主への適応を示しているかどうかを評価するために、できるだけ多くの時間的および地理的に無関係な臨床分離株を取得することが重要です。さらに、2019-nCoVがSARS-CoVに類似している場合、ウイルスは全身に拡散します9。剖検で患者のサンプルを採取することにより、感染の病因を解明し、治療的介入を合理的に修正できます。また、実験動物の実験感染から得られた結果の検証にも役立ちます。

2番目の重要な質問は、ウイルスの人獣共通感染源の特定です。コウモリのコロナウイルスとの類似性が高いことを考えると、コウモリはウイルスの主要な貯蔵所である可能性が高いです。 SARS-CoVは湿った市場の外来動物からヒトに伝染しましたが、MERS-CoVはラクダからヒトに伝染しました10。どちらの場合も、先祖の宿主はおそらくコウモリでした。 2019-nCoVをコウモリから直接送信するか、中間ホストを使用して送信するかを理解することは重要であり、人獣共通感染パターンの定義に役立ちます。

「アビガン」を新型コロナ治療に使えるか検討,その背景論文の一つ　
Therapeutic options for the 2019 novel coronavirus (2019-nCoV)

四つの非構造蛋白（スパイク蛋白など）を解析し、drug binding pocketを知り、既存の候補薬を使うことで安全性試験をクリアできスピードアップできる。抗マラリヤ薬の有効性報告も気になる。

Overlapping and discrete aspects of the pathology and pathogenesis of the emerging human pathogenic coronaviruses SARS‐CoV, MERS‐CoV, and 2019‐nCoV

https://sfamjournals.onlinelibrary.wiley.com/…/10…/lam.13285

病理学の重複した個別の側面と新生ヒト病原体の病因コロナウイルスSARS-CoV、MERS-CoV、および2019-nCoV  このミニレビューでは、SARS-CoVの病理と病因について簡単に紹介し、MERS-CoV、および新たに特定された2019-nCoVにこの知識を外挿します

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新たな大災害に対処しようとする場合、どの分野の権威に相談すべきか分からず、分かったとしても、その道の最高の権威も間違うかもしれない（実際に間違った例も少なくない）。そうした状況での政府の判断が必要だが、他国との戦争ではないのだから、民主的競争的協議が好ましい。

1　過去に例が少なく、危険性や重篤さについて、その大枠の経過の変遷を予測できない。（新興感染症は推移予測が困難）
2　解決必要な問題点が複数あり、それらの優先度や、相談すべき専門家への信頼性も判断できない。（問題の複雑性、課題のトリアージ）
3　個人情報保護や国家機密などの問題があり、集団的な協議をする上で、どの程度の情報公開が許されるのかが分からなかった。（民主的協議と機密保護のトレードオフ）
4　事後にオリンピックなどを控えており、欧米選手団が訪日を見送る場合、中国との親密さを演出して訪日選手団をかさ上げする政治的打算が働いていた。（国際的覇権の推移、中国カード）

コロナウイルス研究と、感染制御実務と、感染治療の専門家を兼ねている人はいません。

corona関連

https://www.nature.com/arti…/s41586-020-2008-3_reference.pdf

SARSやZikaなどの新興感染症は、国民に大きな脅威をもたらします健康1 –3。激しい研究努力にもかかわらず、新しい病気がどのように、いつ、どこで現れるかまだかなりの不確実性の原因です。重度の呼吸器疾患は中国湖北省武漢市で最近報告されました。1月25日まで2020年、最初の患者が入院して以来、少なくとも1,975人の症例が報告されています2019年12月12日。疫学的調査により、アウトブレイクは武漢のシーフード市場に関連していた。私たちは一人の患者を研究しました市場の労働者であり、26日に武漢中央病院に入院した2019年12月の発熱を含む重度の呼吸症候群を経験している、めまいと咳。メタゲノムRNAシーケンス4気管支肺胞洗浄体液サンプルは、設計されたコロナウイルス科からの新規RNAウイルスを同定しました。ここではWH-Human-1コロナウイルスとして。完全なウイルスゲノムの系統解析（29,903ヌクレオチド）ウイルスが最も密接に関連していることが明らかになりました（89.1％ヌクレオチド類似性）SARS様コロナウイルス（ベータコロナウイルス属、中国のコウモリから以前に採取されたサルベコウイルス亜種）。この発生深刻な病気を引き起こす動物からのウイルス流出の継続的な能力を強調しています

Clinical characteristics of novel coronavirus cases in tertiary hospitals in Hubei Province.
Chin Med J (Engl). 2020 Feb 7. doi: 10.1097/CM9.0000000000000744.
https://journals.lww.com/cmj/toc/9000/00000


The global spread of 2019-nCoV: a molecular evolutionary analysis
https://www.tandfonline.com/…/pdf/10.…/20477724.2020.1725339?
2019-nCoVの世界的な広がりは継続しており、WHOがリスク評価を高くすることで示されているように、急速に動いています。この記事では、この新しいウイルスの系統学的および系統地理学的な予備分析を提供します。 2019-nCoVの29の利用可能な全ゲノム配列と、GeneBankで利用可能なBat SARSのようなコロナウイルスからの非常に類似した配列である2つの全ゲノム配列を使用して、Maximum Clade Credibilityツリーが構築されました。私たちは、患者から2019-nCoV配列分離株を提供した国の間での感染のメカニズムを明らかにすることができます。 Bayesianの系統地理学的再構成は、2019〜2020年のnCoVが、恐らくRhinolophusのコウモリファミリーで循環しているBat SARSのようなコロナウイルスに由来することを示しています。疫学的観察と一致して、新しい発生の最も可能性のある地理的起源は中国の武漢市であり、分子時計分析によれば、2019年11月25日頃に、最新の共通祖先の2019-nCoV時間が出現しました。これらの結果、 一緒に
以前に記録された流行は、ベータコロナウイルスによる周期的な流行の発生の繰り返しパターンを示唆しています。さらに、私たちの研究は、SARS 2003の流行の根底にある同じ集団の遺伝的動態を記述し、動物とコウモリ科のRhinolophus間のBetacoronavirusの効果的な分子監視戦略の開発の緊急の必要性を示唆しています。


症例検討https://pubs.rsna.org/doi/pdf/10.1148/radiol.2020200330
Use of Chest CT in Combination with Negative RT-PCR Assay for the 2019 Novel Coronavirus but High Clinical Suspicion
Chest CT showed multiple peripheral ground-glass opacities in both lungs with more involvement of the left upper lobe, lingular segment. At admission, the real-time fluorescence polymerase chain reaction (RT-PCR) assay of the sputum was negative for the 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) nucleic acid.Repeat CT chest performed 3 days after admission showed transformation of ground-glass opacities to more consolidation (Figure d–f ). A repeat RT-PCR 2019-nCoV nucleic acid assay was also negative at this time. Six days after admission, the third RT-PCR 2019-nCoV nucleic acid assay was finally found to be positive.
When specimen tests are negative, the possibility of a false-negative result should be considered in the context of a patient’s recent exposures and the presence of clinical signs and symptoms consistent with 2019-nCoV infection (1,2). In this case, chest CT findings were typical of findings for 2019-nCoV pneumonia (3) coupled with recent exposure suggesting that 2019-nCoV infection was likely
https://pubs.rsna.org/doi/pdf/10.1148/radiol.2020200330


https://www.biorxiv.org/…/10.1…/2020.02.08.939553v1.full.pdf
https://doi.org/10.1101/2020.02.08.939553
概要
2019年の新型コロナウイルス（2019-nCoV）の発生は、中国の武漢から複数の国に急速に広がり、驚異的な数の感染と死亡を引き起こしています。 2019-nCoVの免疫脆弱性ランドスケープの体系的なプロファイリングは不足しており、免疫クリアランスメカニズム、ペプチドワクチン開発、および抗ウイルス抗体開発に重要な洞察をもたらすことができます。 この研究では、すべての2019-nCoVウイルスタンパク質がクラスIおよびII MHC提示を誘導し、線形抗体エピトープを形成する可能性を予測しました。 T細胞とB細胞のエピトープの濃縮はウイルスゲノム上で均一ではなく、豊富なエピトープを生成し、よりターゲットを絞ることができるいくつかの焦点領域を示しました。 2019-nCoVの遺伝的変異は、現時点では少ないものの、関連するコロナウイルスの変異のパターンに既に従っており、治療法の開発で考慮すべきこのウイルスの免疫脆弱性の状況を変える可能性があることを示しました。 オンラインデータベースを作成して、研究成果を広く共有しています。 全体として、2019-nCoVの免疫学的リソースを提示します。これは、治療薬の開発と機械的研究の両方を大幅に促進する可能性があります。